柿の葉寿司の賞味期限は、一般的に「製造日を含めて2〜3日」程度に設定されています。生魚を使用しているため「足が早いのではないか」と不安視されがちですが、塩締めと酢締め、柿の葉の抗菌力、そして押し寿司特有の脱気効果が組み合わさっているため、一般的な生握り寿司よりも格段に日持ちします。
ネット上の口コミや愛好家の間では、「製造当日のフレッシュな状態よりも、翌日〜翌々日にかけて米と魚が馴染んだ状態こそが一番美味い」という評価が定説となっています。時間が経つにつれて柿の葉の芳香がシャリの奥まで浸透し、魚の脂が酢飯と一体化してまろやかな熟成感を生み出すためです。
ただし、保存方法には重大な注意点があります。家庭でやりがちな「冷蔵庫の野菜室や冷蔵室への保管」は絶対に避けるべきです。10度以下の低温環境に置くと、米に含まれるデンプンが急速に老化（β化）し、シャリがパサパサに硬くなって風味が一気に損なわれます。直射日光を避けた涼しい常温（15〜20度前後）で保管するのが、職人が推奨する鉄則です。
