北海学園札幌の教育プログラムは、国公立大学や難関私立大学の現役合格を目指す「特進コース」と、北海学園大学をはじめとする系列大・中堅大への進学および部活動との両立を図る「総進コース（総合進学コース）」で構成されています。北海道学力コンクール（道コン）や進路指導関係者の最新データによると、それぞれの合格目標ラインは明確な棲み分けを見せています。
特進コースの合格目安偏差値は55〜57前後、内申ランクではC〜Bランクが標準的なボーダーラインです。平日の放課後講習や長期休業中の進学セミナー、個別添削指導がカリキュラムに組み込まれており、公立トップ校・上位校（札幌月寒、札幌啓成、札幌藻岩など）の併願先として多くの受験生が受験します。一般入試における合格最低点は非公表ながら、当日点において7割以上の得点率（500点満点換算で350点前後）を確保することが安全圏の指標となっています。
一方の総進コースは、偏差値47〜49前後、内申ランクE〜Dランクがボリュームゾーンです。最大の魅力は、高校生活の早い段階から北海学園大学や北海商科大学への進学を現実的な視野に入れつつ、部活動や資格取得に打ち込める点にあります。ネット上の掲示板やSNSでは「面倒見が手厚く、教員との距離が近い」「無理な詰め込みではなく、基礎から学び直せる」といった好意的な口コミが目立つ一方、「周囲の学習熱量に差があるため、流されない自制心が必要」というシビアな指摘も散見されます。
