採取される部位によって、検査の手順や陽性判定の基準は大きく異なります。臨床で頻度の高い3大検体について、現場のフローを整理します。
呼吸器感染症で実施される喀痰培養同定検査の手順と流れでは、検体の質が極めて重視されます。患者が咳とともに吐き出した痰に唾液が多く混ざっていると正確な判定ができないため、顕微鏡下で白血球と扁平上皮細胞の割合を評価する「Geckler（ゲックラー）分類」などを用いて、下気道由来の良質な痰であるかを選別した上で培養に進みます。
膀胱炎や腎盂腎炎を疑う際に行われる尿細菌培養同定検査の陽性判定においては、「菌数の定量」が鍵を握ります。尿道口付近の常在菌混入（コンタミネーション）を排除するため、一般的には1ミリリットルあたり10の5乗個（100,000 CFU/mL）以上の菌が検出された場合に真の感染原因菌として陽性と判断されます。
全身状態の悪化や敗血症が疑われる際に行われる血液培養同定検査の目的は、血流中に侵入した菌をいち早く検出し、生命危機を防ぐ的確な治療へ繋げることです。採血時の皮膚常在菌混入による偽陽性を防ぎ、検出率を高めるため、異なる部位から「2セット（計4本のボトル）」採血を行うのが国際的な鉄則となっています。
