玉ねぎは酸性土壌を極端に嫌う性質を持っています。土壌の酸度（pH）が5.5以下の強い酸性に傾いていると、根の伸長が阻害され、元肥のリン酸吸収が著しく低下します。植え付けの2週間前までに苦土石灰または有機石灰を1平方メートルあたり100〜150g散布し、pH6.0〜6.5の弱酸性から中性に調整しておくことが必須条件です。
元肥の施用は植え付けの1週間前に行います。完熟牛ふん堆肥（1平方メートルあたり約2kg）と、緩効性の化成肥料（窒素・リン酸・カリが同等に含まれる8-8-8など、1平方メートルあたり約100g）を土とよく混和させます。ここで注意すべきは、元肥に窒素分を過剰に入れすぎない点です。初期に窒素が多すぎると苗が無駄に大苗化し、冬の寒波に当たった際にトウ立ち（花芽分化）を引き起こす引き金になります。
家庭菜園において収穫成功率を飛躍的に高めるアイテムが「黒色穴あきマルチ」です。マルチングを施すことで、以下の3つの決定的メリットが得られます。
- 地温の維持：厳冬期の地温低下を防ぎ、根の微細な活動を継続させる。
- 雑草の完全抑制：草丈が低く雑草に負けやすい玉ねぎの除草作業をゼロにする。
- 肥料流亡と土壌乾燥の防止：冬の乾燥や長雨による肥料分の流出を防ぎ、適度な土壌水分を維持する。
