事件が起きた当時、坂本龍馬は風邪をこじらせ、定宿としていた伏見の寺田屋ではなく、京都四条河原町にある醤油商・近江屋（井口新助邸）の2階奥部屋に身を潜めていました。同志である陸援隊の中岡慎太郎が訪れ、日本の未来や政局について語り合っていた午後8時過ぎ、運命の襲撃者が静かに階段を上がってきました。
十津川郷士を偽る不審な男たちは、取次に出た龍馬の従者である元力士・藤吉を背後から斬り倒し、そのまま2階の密談部屋へ乱入しました。わずか数畳の閉塞空間において、不意を突かれた龍馬と中岡に防戦の猶予はほとんど残されていませんでした。
龍馬は床の間の刀に手を伸ばそうとした瞬間、前頭部を深く薙ぎ払われ、さらに右肩や背中を幾重にも斬りつけられました。龍馬は朦朧とする意識の中で「慎太、手刀はあるか」と口にし、息を引き取ったと伝えられています。
一方の中岡慎太郎は全身に無数の刀傷を負いながらも即死を免れ、事件から2日後の11月17日夕方まで生存しました。駆けつけた土佐藩士・谷干城らに対し、襲撃時の刺客の言動や部屋の状況を詳細に口述した記録こそが、後世の真相究明における最も貴重な一次史料となっています。
