新千歳空港内には、きのとやの直営店舗が国内線ターミナルビル2階に2箇所存在します。それぞれ取り扱い商品やコンセプトが異なるため、目的に応じて使い分けるのが賢明です。
中央の吹き抜けエリア近くに位置する「きのとや 新千歳空港店」（国内線ターミナル2階 センタープラザ）は、ソフトクリームやお土産用菓子を幅広く取り扱う旗艦店です。一方、やや奥のスイーツアベニュー側に位置する「きのとや 新千歳空港 ファクトリー店」は、工房機能に特化しており、店舗限定のソフトクリームフレーバー（宇治抹茶など）や、焼きたてパイの品揃えに強みがあります。
営業時間は両店舗ともに午前8時00分から午後20時00分まで（※ラストオーダーや実演商品の焼き上がり時間は変更の場合あり）となっており、早朝便や夜遅い便の利用時でも立ち寄りやすいスケジュールで営業しています。
