生理が始まると急に便が緩くなる、あるいは水のような下痢が続く現象には、明確な生理学的メカニズムが存在します。主犯格となるのが、不要になった子宮内膜を体外へ経血として押し出すために子宮内で分泌される「プロスタグランジン（PG）」という生理活性物質です。
プロスタグランジンは子宮の筋肉（平滑筋）を強く収縮させる役割を持ちますが、分泌量が多すぎると血液に乗って周囲の臓器へと広がります。子宮のすぐ裏側に位置する直腸や下部大腸の平滑筋にもプロスタグランジンが作用し、腸が激しく蠕動（ぜんどう）運動を繰り返す結果、便中の水分が十分に吸収されないまま排出され、特有の差し込むような腹痛を伴う下痢が引き起こされます。
さらに、月経周期に伴うホルモンバランス乱れも腸内環境に拍車をかけます。排卵後から生理前（黄体期）にかけて分泌が高まる「プロゲステロン（黄体ホルモン）」は、腸の動きを抑えて水分を体内に溜め込む働きがあるため、生理前は便秘になりがちです。しかし生理が始まるとプロゲステロンが急激に減少し、溜め込まれていた水分が一気に腸管内へ移動します。この「ホルモンの急落」と「プロスタグランジンの過剰分泌」という二重の衝撃が重なることで、頑固な便秘から一転して激しい下痢へとシフトするのです。
一方で、生理が始まる前の数日間に下痢や腹痛が起こる場合は、生理前下痢PMS（月経前症候群）の一環として自律神経が乱れ、腸のコントロールが不安定になっているケースが少なくありません。
