インターネット上の掲示板やSNSでは、タイトルの「幽霊」という単語や、重厚でどこか不穏さすら孕んだサウンドスケープから、「この曲は不気味な心霊現象や救いのない死を歌ったダークな曲ではないか」という誤解が散見されます。しかし、これは楽曲の真意を見誤った解釈です。
海洋生物学には、巨大なクジラが死んで海底に沈み、数百年にわたって何千種もの深海生物の栄養源となる「鯨落（ホエールフォール）」という現象があります。死は終わりではなく、無数の新たな生命を生み出す始まりに他なりません。『海の幽霊』における「幽霊」とは、恐ろしい化け物ではなく、肉体を離れて海や風、星々とひとつになった「生命の記憶そのもの」を指しています。
米津玄師自身も、民俗学的なアニミズム（万物に魂が宿るという考え方）や日本古来の自然信仰に近い感覚を楽曲に込めており、別れの痛みを抱えつつも、それらを包み込む大いなる自然への畏怖と讃歌がこの曲の本質です。
