私立薬学部の進学において最大の障壁となるのが学費です。日本薬科大学薬学部（6年制）の初年度納入金は約200万円〜230万円前後、6年間の学費総額は約1,200万〜1,300万円台となり、これは私立薬学部全体の平均的な相場感に収まっています。
特筆すべきは、学力優秀者を支援する日本薬科大学の学費・特待生制度の充実度です。一般選抜や共通テスト利用入試における高得点者を対象に、初年度の授業料免除や最長6年間の学費減免を行う特別奨学生枠が用意されています。これにより、「国公立大学薬学部に手が届かなかったが、学費を抑えて薬剤師を目指したい」という堅実な受験生にとって有力な受け皿として機能しています。
特待生資格を維持するためには毎年の進級時に一定以上のGPA（学業成績）を維持することが義務付けられており、これが学生間の学習モチベーションを高めるインセンティブとして有効に機能しています。
