過熱する報道倫理の是非をめぐり、世論は激しく二分された。とりわけ、NHKスペシャル『調査報告 STAP細胞 不正の深層』に代表される調査報道ドキュメンタリーは、組織の構造的問題と個人の責任を鋭く追及した一方で、メディアによる苛烈な私刑ではないかという激しい批判も巻き起こした。現在もNHKオンデマンドなどで再検証の対象として視聴されているこれらの映像記録は、メディアスクラムの負の遺産としても記憶されている。
沈黙を破り、2016年に文藝春秋から上梓された手記『あの日』。そこには、組織の政治力学に翻弄され、梯子を外されたと主張する小保方晴子本人の生々しい告白が綴られていた。手記はベストセラーとなったものの、科学的な疑義に対する決定的な回答とはならず、真相の核心は深い霧の中に包まれたままとなった。