物語は、ざわめく中学校の終業式のホームルームから幕を開けます。担任の森口悠子が教壇に立ち、紙パックの牛乳を飲み干す生徒たちを前に、今学期限りで教職を辞すると語り始めます。騒がしかった生徒たちが次第に静まり返るのは、森口が数ヶ月前に学校のプールで水死した4歳の愛娘・愛美について言及した瞬間でした。
警察は事故死と断定したものの、森口は教室内にいる生徒の手によって愛美が計画的に殺害されたことを明かします。犯人は2人。名指しは避けつつも、卓越した頭脳で自作の防犯ブザー（電気ショック装置）を作った「少年A（渡辺修哉）」と、劣等感から犯行に加担した「少年B（下村直樹）」の特徴を冷静沈着に告発していきます。
牛乳に混入した血液の真実と理由
森口は、少年法により14歳未満の彼らが刑事責任を問われない理不尽を突きつけ、「命の重さを教えるために罰を与えた」と宣言します。その罰とは、愛美の父親であり森口の婚約者でもあった桜宮正義（エイズを発症した教師）のHIV感染血液を、今朝2人が飲んだ給食の牛乳に混入させたというものでした。
教室はパニックに陥り、終業式の鐘とともに森口は静かに去っていきます。しかし、この血液混入には周到な裏がありました。後に判明する事実として、桜宮正義本人が病気の悪用に断固反対して血液を破棄していたため、実際に牛乳に入っていた血液は無害な偽物だったのです。現代医学において経口摂取によるHIV感染確率は限りなくゼロに近いものの、森口の目的は感染症による肉体の抹殺ではなく、「死の恐怖に怯え、精神が徐々に崩壊していく生き地獄」に追い込むことでした。
少年Aと少年Bの動機と結末
新学期が始まると、教室は一転して凄惨ないじめの現場へと化します。少年A（修哉）はクラスメイトからバイ菌扱いされ、悪質な嫌がらせのターゲットにされます。しかし、修哉自身が殺人を犯した動機は、幼少期に家を出た高名な電子工学者である「母親の気を引くため」でした。全国科学コンテストで入賞しても世間の耳目を集められなかった彼は、残虐な殺人を犯して有名になれば、母が自分に気づいて戻ってきてくれるという歪んだ母子愛を抱えていたのです。
一方の少年B（直樹）は、修哉に「単なるパシリ」として利用されたことに傷つき、自らの存在価値を証明したい一心で、電気ショックで気絶していた愛美をプールへ投げ込んで溺死させた真の実行犯でした。牛乳事件以降、直樹は「自分はエイズに感染した」という強迫観念から自室に引きこもり、発狂していきます。体を洗うことを拒み、爪を噛み、髪をむしり取る直樹。盲目的な過保護さで「うちの直樹は悪くない、悪い友達に利用されただけ」と信じ込む母親は、変わり果てた息子の姿に耐えかねて無理心中を図りますが、返り討ちに遭い直樹の手によって刺殺されるという最悪の結末を迎えます。
ウェルテル先生の役割とその後
直樹を精神的崩壊へ追い込んだ決定的な要因が、新任担任となった寺田良輝（通称：ウェルテル先生）の無自覚な暴走です。学園ドラマの熱血教師に憧れるウェルテルは、不登校になった直樹を救おうと、クラスメイトを巻き込んで毎週のように家庭訪問を繰り返しました。
「直樹君、みんな待ってるぞ！」という無神経な善意の押し付けや、寄せ書きの強要は、精神的に追いつめられていた直樹と母親にとって耐えがたい凶器となりました。実はこの家庭訪問も、森口悠子がウェルテルの浅はかな性格を見抜き、「毎週訪問して励ましてあげるのが良い教師」と吹き込んで操っていた復讐の布石でした。直樹が母親を殺害した現場を目の当たりにしたウェルテルは、自身の無知と身勝手な正義感が招いた惨劇に直面し、二度と立ち上がれないほどのトラウマを負うことになります。
北原美月が殺害された経緯
クラス内で孤立する修哉に唯一寄り添ったのが、学級委員長の北原美月でした。彼女は世間を震撼させた無差別毒殺事件の犯人「ルナシー」に共鳴し、部屋に毒物をコレクションする危うい精神世界を持っていました。修哉と美月は心を通わせるかのように見えましたが、その関係は一瞬にして破綻します。
美月が修哉の内面にある「天才ぶっているが、本質は母親に捨てられた寂しさから抜け出せないただのマザコン」という急所を鋭く指摘した瞬間、修哉のプライドは完全に崩壊。激昂した修哉は美月を絞殺し、その遺体をバラバラにして自宅の大型冷蔵庫に隠蔽するという凶行に及びます。自分を真に理解してくれた唯一の理解者を、自らの手で屠ってしまったのです。
