称賛の声が鳴り響く一方で、過去には手痛い炎上劇や厳しい批判に晒された経緯も見逃せない。特に静岡のセンター開設当初、展示の学問的正確性や運営方針を巡り、内部の専門職スタッフや外部有識者から強い懸念が表明され、メディアを巻き込んだ騒動へと発展した。
公金を投じたハコモノ事業特有の「観光偏重」に対する地元住民の冷ややかな視線や、信仰遺産としての厳粛さとエンターテインメント性のバランスを巡る摩擦。ネット上でも「巨額の税金を使った単なるインスタスポットではないか」「もっと保全の現場に予算を回すべきだ」といった辛口な意見が噴出。こうした厳しい論争を経験したからこそ、現在のセンターは学術研究の還元と地域連携へと舵を切り直すこととなった。
