騒動の渦中で最も頻繁に取り沙汰されたのが、明治時代に開かれた新興宗教「大本」と小室佳代氏との関係である。一部メディアの報じたところによれば、佳代氏の母方の親族がかつて教団関係者と交流があったとされる地域に居住していたことや、霊的なカウンセリングに頼っていたという知人の証言が疑惑の根拠とされた。
しかし、綿密な事実確認を行うと、佳代氏自身が大本の熱心な信者として教団活動に深く関与していたという客観的な証拠は見つかっていない。人生の苦難に直面した際、個人的な精神的支えとして何らかの相談を行った可能性は否定できないものの、それを「組織的な宗教活動」や「信者説」へと飛躍させたのは、過剰なストーリーテリングを求めた一部報道の影であったと言わざるを得ない。
