秀吉に臣従した長宗我部家を、戦国史上屈指の悲劇が襲います。天正14年（1586年）、秀吉の命による九州征伐（戸次川の戦い）において、軍監・仙石秀久の無謀な作戦指揮により豊後国戸次川で島津軍の猛攻に晒された元親軍は壊滅的打撃を受けました。そしてこの戦闘で、文武両道にして家中すべての信望を集めていた最愛の長男、長宗我部信親（のぶちか）が22歳の若さで討死したのです。
信親の戦死報を受けた元親の慟哭は凄まじく、自らも敵陣へ突入して討死しようとしたところを家臣に押し留められたと伝わります。高知工科大学や郷土史料の分析でも指摘される通り、この戸次川の戦いを境に元親の性格と統治スタイルは完全に変貌してしまいました。かつての理知的で部下思いな指導者は姿を消し、偏執的で冷徹な専制君主へと堕ちていったのです。
悲嘆に暮れる元親は、信親の幼い娘を四男の盛親に嫁がせ、家臣たちの激しい反対を押し切って盛親を無理やり後継者に指名。これに異を唱えた有力一門の吉良親実（弟・吉良親貞の子）や重臣たちを次々と切腹・粛清に追い込みました。かつて盤石を誇った一門・家臣団の絆はズタズタに引き裂かれ、家中には猜疑心と暗雲が立ち込めました。
晩年には領国統治の法典『長宗我部元親百箇条』を制定し、領内の秩序維持に努めたものの、精神的な傷が癒えることはありませんでした。慶長4年（1599年）、元親は京都・伏見の長宗我部屋敷にて重病に倒れます。死因は病死と伝えられていますが、愛息を失った心痛と相次ぐ心労が寿命を縮めたことは疑いありません。徳川家康らが見舞いに訪れる中、同年5月19日、波乱に満ちた61年の生涯を閉じました。
その後、家督を継いだ四男・長宗我部盛親は、関ヶ原の戦いで西軍に属したため改易となり土佐を追放。浪人生活の末、慶長19年（1614年）からの「大坂の陣」に豊臣方の主力武将として参戦します。八尾・若江の戦いなどで徳川勢を相手に鬼神の如き奮戦を見せ、一領具足の意地を天下に示しましたが、大坂城落城後に逃亡先で捕縛され、京都・六条河原にて斬首。これにより、戦国大名としての長宗我部家宗家は完全に滅亡を迎えました。
