同じ国分エリアにある国分中学校との違いは、進学や転居を検討する家庭にとって大きな比較ポイントです。両校の主な特色を比較すると以下のようになります。
国分中学校は市内最古参の大規模校であり、広大な校区と深い歴史、圧倒的な生徒数を持ちます。対する舞鶴中学校は、1989年の分離新設によって誕生したため、校舎の構造が比較的コンパクトで動線が整っており、生徒と教員の距離感が近いという特徴があります。学力水準や部活動の熱量においては両校ともハイレベルで拮抗していますが、市街地西側の住宅エリアに近い舞鶴中学校は、転入生の受け入れにも慣れている柔軟な校風が強みです。