牧野高校の最大のストロングポイントは、関西名門私立大学群「関関同立」への圧倒的な進学実績です。卒業生のおよそ6割〜7割が関関同立および「産近甲龍（京都産業大・近畿大・甲南大・龍谷大）」へ進学しています。
私立大学の合格実績では、特に関西大学・近畿大学・立命館大学・同志社大学の合格者数が毎年上位を占めます。指定校推薦枠も豊富に保持しており、日頃の定期テストで高い評定を獲得していれば、難関私大への現役合格を有利に進めることが可能です。
国公立大学への進学においても、大阪公立大学、滋賀大学、和歌山大学、京都工芸繊維大学などを中心に毎年二桁以上の合格者をコンスタントに輩出しています。「浪人せずに現役で志望校へ進む」という現役志向が強い校風であり、手厚い進路指導と補習体制が生徒のモチベーションを後押ししています。
