女性ホルモン製剤の投与において最大の医学的リスクとされるのが、血管内で血液が固まる深部静脈血栓症（DVT）および肺塞栓症です。エストロゲンは肝臓での血液凝固因子の産生を促進するため、脳梗塞や心筋梗塞といった致死的な疾患を引き起こす危険性を常に孕んでいます。
特に経口投与（飲み薬）は肝臓を通過する際の負担が大きく、肝機能障害や高脂血症のリスクを押し上げます。また、喫煙習慣がある場合は血栓症リスクが跳ね上がるため、治療前の完全禁煙が絶対条件となります。
近年、医療機関を受診せず海外製医薬品を個人輸入して自己注射や過剰服用を行う危険なケースが後を絶ちません。粗悪品の混入や不適切な用量設計は、取り返しのつかない健康被害を招きます。安全に治療を進めるためには、定期的な血液検査（ホルモン値・凝固系・肝機能チェック）を実施するジェンダークリニックや内分泌専門医の指導が不可欠です。
