三毛猫の性格を語るうえで避けて通れないのが、生物学的な性別の偏りです。周知の通り、三毛猫のほぼすべてはメスであり、オスが生まれる確率はおよそ3万分の1（約0.003%）という天文学的な数値にとどまります。この偏りは、毛色を決める遺伝子と性染色体の組み合わせによって生じる必然的な現象です。
猫の毛色において、黒を発現させる遺伝子と、オレンジ（茶）を発現させる「O遺伝子」は、メスを決定づけるX染色体の上にしか存在しません。白は常染色体上の別遺伝子によって発現するため、1頭の猫に「白・黒・オレンジ」の3色が同時に出現するためには、2本のX染色体（XX＝メス）が揃い、かつ片方のX染色体に黒、もう片方にオレンジの遺伝子が乗る必要があります。
通常のオスの性染色体は「XY」であるため、X染色体は1本しか持てず、黒かオレンジのどちらか1色しか発現できません。例外的にオスとして三毛猫が誕生するのは、性染色体の過剰重複によって「XXY」という異常が生じるクラインフェルター症候群や、受精卵が融合したモザイク現象などの極めて稀な変異が発生した場合に限られます。
つまり、私たちが日常的に目にする三毛猫のほぼ100%がメス猫です。猫の世界において、子育てや巣穴の防衛を一手に引き受けるのはメスだけであり、外敵をいち早く察知する鋭い警戒心や気まぐれな自立心が育まれるのは、種を存続させるための必然的な適応戦略だったといえます。
