結論から言えば、沖縄そばとソーキそばの決定的な違いは「上に乗せる豚肉の部位」です。スープや麺のベースは基本的に共通しており、トッピングの肉によってメニュー名が明確に区別されています。
一般的に、単に「沖縄そば」と注文した場合に出てくるのは、甘辛く煮込んだ三枚肉（豚バラ肉のスライス）とかまぼこ、ネギが乗った一杯です。一方、「ソーキそば」には、豚のあばら骨周辺の肉であるソーキ（スペアリブ）が豪快に盛り付けられます。
つまり、ジャンル全体の総称としての「沖縄そば」という大きな枠組みの中に、三枚肉を乗せた基本形の沖縄そばや、ソーキを乗せたソーキそばが存在するという構造です。現地では三枚肉の乗ったものを区別して「三枚肉そば」と表記する店も多く見られます。
