水潜寺で授与される御朱印は、一般的な参拝記念の枠を超えた歴史的重みを持っています。札所三十四番としての御朱印はもちろんのこと、百観音すべてを踏破した者だけに授与される特別な墨書が存在します。
水潜寺の納経時間は、秩父札所連合会の規定に準拠し、基本的に午前8時00分から午後5時00分まで（冬季は午後4時30分までの場合あり）となっています。ただし、秩父札所全体で徹底されている12時00分から12時30分の昼休憩時間帯は納経窓口が一時閉鎖されるため、タイムスケジュールには十分な配慮が必要です。
納経所でいただける主な朱印・授与品の内訳は以下の通りです。
- 秩父三十四箇所 第三十四番 納経印：本尊・千手観音の墨書とともに「結願」の朱印が押印されます（納経料：500円）。
- 日本百観音 結願御朱印：百観音専用の納経帳を保持している場合、満願を証明する大判の墨書が授与されます。
- 百観音満願之証（賞状形式）：希望者には、百観音踏破を公的に讃える「満願証」の授与申請が可能です（別料金）。
