番組が12年の歴史に幕を下ろした2020年3月前後から、ネット上では「なぜ人気絶頂のまま終わったのか」「ジーンちゃんの中の人が降板したからではないか」といった様々な憶測が飛び交いました。しかし、実際の番組終了理由は極めて現実的なテレビ局側の編成戦略によるものです。
報道各社の取材データおよび関西テレビの公式発表によると、終了の決定的な理由は「土曜朝の情報生番組枠におけるターゲット層の若返りと全体リニューアル」でした。2008年開始以来、高水準の世帯視聴率を保っていたものの、テレビ業界全体で個人視聴率（特にコア層と呼ばれる10〜40代）の獲得が最重要視される時代へとシフトしていました。
さらに、2020年初頭から始まった世界的な渡航制限の影響により、番組の柱であった「ジーンちゃんの海外ロケ」の継続が物理的に困難になったこともタイミングとして重なりました。一部で噂されたような「出演者間の不仲」や「キャラクターの権利問題」といったネガティブな要因は一切なく、12年という節目を迎えて綺麗にバトンを後継番組『土曜はナニする!?』へと渡したのが真相です。
