同じ薬によって幼児化した灰原哀(本名:宮野志保/コードネーム:シェリー)は、コナンにとって単なる仲間を超えた「唯一無二の運命共同体」です。かつて組織の研究者だった彼女は、姉の宮野明美を組織に殺害されたことを機に薬を飲んで自死を図り、幼児化して脱出しました。
二人の関係は、互いの痛みを理解し合える戦友であり、黒の組織という巨大な闇に立ち向かう頭脳コンビです。灰原の研究によって、中国酒「白乾児(パイカル)」の成分をヒントにしたAPTX4869の解毒薬試作品が開発され、コナンは幾度か一時的に工藤新一の姿へと戻ることに成功しています。
しかし、試作品には激しい耐性がつくという致命的な弱点があり、連続使用すると効果時間が著しく減少します。完全な恒久解毒薬を完成させるためには、組織が所持する本来の研究データや薬品のバックアップ回収が不可欠とされており、これが物語後半の大きなミッションとなっています。