タイトルにある「方舟」の元ネタが、旧約聖書の創世記に登場する「ノアの方舟」であることは明白です。大洪水によって地上の生命が洗い流され、選ばれた者たちだけが生き残るという神話のプロットが、本作の骨格として巧妙に引用されています。
しかし、なぜ「イカ」なのかという由来には、極めてシニカルかつ知的な意図が隠されています。生物学的に高度な知能と視覚システムを持つ頭足類は、「人類の次に地球の覇権を握る生物」として科学の世界でも度々議論されてきました。本作における『イカの方舟』というフレーズは、「滅びゆく人類を救う船」ではなく「新時代の支配者であるイカたちが旧時代の遺産を収容する船」という、痛烈な主客逆転の暗号になっているのです。