物語の最終盤、政府は殺せんせーの地球爆破確率がわずか1％未満に下がった事実を知りながらも、リスクを完全に排除すべく最終兵器「天の矛」「地の矛」を発動。3年E組の旧校舎周辺を対殺せんせー用レーザー障壁で完全に封鎖しました。
包囲網を突破して旧校舎へ駆けつけた生徒たちの前に現れたのは、かつて殺せんせーを怪物に変貌させた元凶・柳沢誇太郎と、触手手術を受けて怪異と化した二代目死神でした。殺せんせーは瀕死の重傷を負いながらも、生徒たちを全身全霊で守りきり、死闘の末に柳沢らを撃破します。
しかし、決戦を終えた殺せんせーの体力は限界を迎えており、レーザー攻撃の照射時刻も刻一刻と迫っていました。自らの命の期限を悟った殺せんせーは、生徒たちに「自分を暗殺すること」を促します。生徒全員が師の身体を涙ながらに押さえつけるなか、暗殺の実行役を志願したのは潮田渚でした。
最後に行われたのは、3年E組全員の「最後の出席確認」。殺せんせーは生徒一人ひとりの名前を噛みしめるように呼び、全員が涙声で返答。渚が震える手で対先生用ナイフを心臓へ突き刺すと、殺せんせーは金色の光の粒子となって夜空へと霧散し、1年間にわたる暗殺教室は幕を下ろしました。
