特別な祈願や、一年の感謝を強く示したい時には、硬貨ではなく紙幣（千円札や一万円札）を納める人も多いでしょう。その際、紙幣はそのまま賽銭箱に入れるのではなく、白い封筒やポチ袋に包み、表に「御賽銭」や「初穂料」、自分の名前を書いて納めるのがより丁寧な作法です。
また、新紙幣の流通が定着した現在、シワのない「新札」を用意してお賽銭に用いることも推奨されています。これには「神様のためにわざわざ新しいものを用意した」という敬意と誠意が込められており、自身の気持ちをリフレッシュさせ、運気を引き寄せる効果もあると信じられています。
