中学校や前籍校で不登校を経験した生徒に対するアプローチにおいて、岐阜未来教育学園は非常に高いノウハウを蓄積しています。不登校支援の根底にあるのは、「学校に来させること」をゴールにするのではなく、「本人が自己肯定感を取り戻し、社会とつながる力を育むこと」という教育方針です。
過去の学習内容に不安がある生徒に対しては、小学校高学年や中学校レベルの基礎英語・数学に立ち返った「学び直し」をカリキュラムに組み込みます。周囲の目を気にせず自分の弱点をつぶせるため、学習に対する苦手意識が徐々に払拭されていきます。また、教育相談員やカウンセラーとの連携により、メンタル面の浮き沈みにも柔軟に対応できるセーフティネットが敷かれています。