展示と並ぶもう一つのハイライトが、3階に位置する「ミュージアムカフェ」です。作品愛に満ちた工夫が凝らされており、ファンなら思わず感嘆の声を上げるメニューが揃っています。名物の「アンキパンフレンチトースト」をはじめ、キャラクターのラテアートが施されたカフェラテ、ボリューム満点のジャイアンカツ丼など、SNS映えと確かな味わいを両立させたラインナップが魅力です。
しかし、このカフェは週末を中心に60分から120分以上の待ち時間が発生する最大のボトルネックでもあります。時間を浪費しないための実践的な裏ワザは、「入館手続きを終えたら、展示室に入る前にまず3階カフェへ直行し、店頭の受付発券機で整理券（QRコード付き）を取得する」という手順です。呼び出し状況はスマートフォン上でリアルタイムに確認できるため、待ち時間を利用して1階・2階の原画展や「まんがコーナー」を鑑賞すれば、タイムロスをゼロに抑えることができます。
さらに、1階の「ミュージアムショップ」で販売される限定グッズやお土産も入館者のみが購入できる特権です。複製原画やオリジナルのピンズ、ステーショナリー、作中のコマをあしらったお菓子缶などは人気が高く、夕方以降はレジ前が混み合います。鑑賞の合間、あるいはカフェの順番待ち時間を利用して目星をつけておくことがスムーズな退館につながります。
