公共施設ならではのリーズナブルな利用料金も、メセナ住吉交流センターが選ばれる理由のひとつです。利用区分は「午前」「午後」「夜間」、あるいは時間単位で設定されており、利用する部屋の規模や付属設備（照明器具や冷暖房など）に応じて明快に規定されています。
主な利用料金の目安は以下の通りです。
・体育館（全面・一部利用）：バレーボール、バドミントン、卓球などで区分ごとの手頃な料金体系
・研修室・会議室：小人数での打ち合わせから数十人規模のセミナーまで対応可能な規模別設定
・和室・調理実習室：文化系サークルや料理教室向けの設備完備スペース
公共的な活動を行う団体や、特定の要件（障がい者手帳所持者団体の利用や青少年育成関連事業など）に該当する場合は、施設使用料の減免申請を行うことで負担を大幅に軽減できる場合があります。減免の適用基準や必要書類については、利用申請時に管理事務室へ確認することをおすすめします。
