高い評価を得ている一方で、滞在スタイルによっては事前の理解が不足していると戸惑うポイントも存在します。最も留意すべきはスーパーホテル熊本山鹿のチェックイン時間です。チェックイン手続きは15:00から24:00までとなっており、24:00を過ぎるとフロント業務が終了し入館できなくなるシステムとなっています。深夜到着を予定している場合は必ず事前の連絡が必要です。
また、スーパーホテル熊本山鹿の駐車場は無料平面駐車場が約80台分完備されていますが、原則として先着順での案内となります。観光ハイシーズンや大型連休、近隣イベント開催日などは夕方以降に満車となるケースがあるため、車で移動する際は早めの到着を心がけるのが賢明です。なお、客室ドアは鍵を持ち歩く必要のない「暗証番号式キー（ノーキー・ノーチェックアウトシステム）」が採用されており、チェックアウト時のフロント手続きが不要という合理的な運用がなされています。
