ネット上の掲示板やSNSで「吉祥航空の評判は最悪」と書き込まれる背景には、大きく分けて3つの要因が存在します。第1の要因は、価格設定があまりにも安価なため「LCC並みの劣悪なサービスではないか」という先入観を持たれやすい点です。第2は「中国路線特有のフライト遅延」、そして第3は「機内食の味付けが日本人の好みに合わない」という体験談です。
フライト追跡データ各社の運航実績を検証すると、吉祥航空自体の機材繰りによる欠航率は極めて低く抑えられています。しかし、拠点である上海浦東国際空港周辺は軍用空域の制限や天候の影響を受けやすく、航空会社を問わず管制指示による出発待機（ディレイ）が発生しやすい構造的課題を抱えています。この空域事情を知らずに搭乗した旅行者が「大幅に待たされた」として悪評を投稿するケースが目立ちます。
安全性に関しては、国際航空運送協会（IATA）の安全監査プログラム「IOSA」の認証を継続取得しており、重篤な事故歴もありません。機材も平均機齢が約6〜7年と世界的に見ても若いエアバスA320neoファミリーやボーイング787-9を中心に取り揃えており、ハードウェア面の信頼性は極めて高い水準にあります。
