参拝の証として授与される御朱印を求めて社務所を訪れる人も多い。下社社務所における御朱印の受付時間は、基本的に午前9時から午後4時30分までとなっている。ただし、天候やケーブルカーの運行状況、季節ごとの特別拝観期によっては変動する場合があるため、直前の情報確認を怠らないようにしたい。
大山阿夫利神社では、力強い墨書と神紋が施された通常の御朱印に加え、四季の移ろいを描いた限定御朱印や、登拝記念の特別な授与品も用意されている。休日には社務所前に列ができることもあるが、授与所の受付は手際よく進められている。
なお、山頂に位置する「本社」での参拝および御朱印授与は、本格的な山道を登る登拝が必要となる。本社授与所が開いている時期や時間帯は限られているため、下社だけでなく本社を目指すハイカーは事前に入念なリサーチを行って臨むべきだ。
