ファンの間で長年、最大の謎として議論され続けているのが「宇佐見蓮子・マエリベリー・ハーンと八雲紫の関係性」です。幻想郷の創始者の一人であり、神出鬼没の境界の妖怪である八雲紫。彼女の存在と秘封倶楽部の二人には、偶然では片付けられない数多くの符丁が存在します。
代表的な仮説として挙げられるのが「メリー=八雲紫説」です。境界を視る能力から境界を操る能力への進化、容姿の類似、そして紫の式神である八雲藍や八雲橙との関係性など、状況証拠は枚挙に暇がありません。では、その時「蓮子」は何者なのか。蓮子こそが八雲紫の過去の相棒であり、何らかの理由で永遠に失われた存在なのではないかという説、あるいは紫の持つ「客観的な観測者」の視線そのものが蓮子の影響であるという説など、重層的な解釈が展開されてきました。
さらに『東方深秘録』で登場した現代の女子高生・宇佐見菫子の存在が、このタイムラインの謎をより複雑かつ魅力的なものにしました。菫子は蓮子の直系の先祖、あるいは血縁関係にあることが公式に示唆されており、「菫子(過去・現代)→蓮子(近未来)→幻想郷の創世記(過去?)」という時間のループ構造さえ取り沙汰されています。