成人の腸内には約1,000種類、100兆個もの菌がひしめき合っている。この生態系こそが腸内フローラ・マイクロバイオームだ。シロタ株がこの生態系に突入すると、腸内の善玉菌の代表格であるビフィズス菌を優位に増やし、悪玉菌である大腸菌やウェルシュ菌を強力に抑制する。
善玉菌優位の環境が整うと、腸内では短鎖脂肪酸（酢酸や酪酸）の産生が活発化する。これが腸管バリア機能を強固にし、蠕動運動を促して便通を正常化させる。特定保健用食品（トクホ）として許可された初期のヤクルト製品から受け継がれるこの整腸作用は、単なる一時的な刺激ではなく、腸内環境そのものを根本からリセットする構造を持っている。
