利用者が最も混乱しやすいのが、各種割引の「重ねがけ」に関する規約です。ジョリーパスタにおける割引クーポンの併用ルールは明快で、基本原則は「単品値引き型（アプリ番号・紙クーポン等）は複数併用可能」「全体の会計から割引くパーセント優待は重複不可」という構造になっています。
具体的には以下のような棲み分けがなされています。
まず、新聞折込やポスティングで配られるジョリーパスタの紙クーポンチラシやアプリの単品値引きは、1回の注文で対象メニューごとに1枚ずつ何品でも併用できます。これに加えて会計時に出せるのが、食事後のレシートに印字されているジョリーパスタのレシートアンケートクーポンです。レシート下部のQRコードから2〜3分で回答できるアンケートを送信すると、次回使える100円引きやドリンクバー優待コードが発行され、単品値引きとぶつかることなく手堅く回収できます。
一方、注意が必要なのはジョリーパスタのJAF優待割引（現在5％引きが主流）などの「総額パーセント引き」です。原則として「他の割引券・クーポンとの併用不可」と明記されているため、アプリで複数品の単品値引きを適用した状態ではJAF優待を受けられないケースがほとんどです。「単品値引きの合計額」が「飲食総額の5％」を上回っている場合はアプリクーポンを優先し、大人数で単品値引きをほとんど使わない場合はJAF優待を選択するのが、最も無駄のない戦略です。
