館内に入ると、島根の豊かな自然環境を川の上流から下流、そして宍道湖・中海へと下っていくストーリー仕立ての展示構成が広がっています。ただ魚を眺めるだけでなく、生息環境のリアルな再現や五感を使う工夫が随所に散りばめられています。
展示エリアの目玉となる主なポイントは以下の通りです。
- 特別天然記念物 オオサンショウウオの迫力展示：
島根県内の清流に生息する世界最大級の両生類「オオサンショウウオ」を至近距離でじっくり観察可能。岩陰に潜む巨大な姿と独特の愛嬌ある顔立ち骨格は、来館者の視線を釘付けにします。 - 宍道湖・中海の汽水生物と「宍道湖七道」：
名物のヤマトシジミをはじめ、スズキ、モロゲエビ、ウナギ、アマサギ（ワカサギ）、シラウオ、コイといった「宍道湖七珍」の生態展示。塩分濃度の変化に適応する汽水魚たちの不思議な生態を学べる設計です。 - 館名にも冠された多種多様なハゼ類（ゴビウス）：
泥底や砂地に暮らすトビハゼや各種マハゼなど、ユーモラスな動きを見せるハゼ類のコレクション展示。専門の水族館ならではのマニアックかつ温かみのある解説パネルが添えられています。 - ふれあい体験・タッチプール：
水槽に手を入れて魚たちの感触を確かめられるタッチプールや、角質をついばんでくれるドクターフィッシュ（ガラ・ルファ）の体験コーナーは、子供たちに大人気のアトラクションです。 - 季節ごとの特別展・島根県立宍道湖自然館 イベント情報：
夏休みの「ヘラクレスオオカブトや世界のカブトムシ・クワガタ展」や、飼育員の裏側を見学できるバックヤードツアー、えさやり体験教室など、時期に応じた多彩な企画が定期開催されています。
