高樹沙耶が逮捕されたのは2016年10月25日のことでした。関東信越厚生局麻薬取締部（通称マトリ）が沖縄県石垣市にある彼女の自宅兼宿泊施設を家宅捜索した際、敷地内から乾燥大麻約55グラムや吸引用パイプなどが押収され、同居していた男性らと共に大麻取締法違反（所持）の現行犯で逮捕されました。
捜査当局は数か月前から内偵調査を進めており、複数のメディア関係者や捜査筋の証言によると、大麻の吸引・所持に関する確度の高い情報提供があったとされています。逮捕当時、彼女は「私の物ではない」と容疑を否認し、同居男性の所持品であると主張しました。
2017年に那覇地方裁判所で開かれた公判において、弁護側は無罪を主張したものの、裁判所は「押収された大麻は同居人らと共同で所持・管理されていたと認めるのが相当」と判断。結果として懲役1年・執行猶予3年（求刑・懲役1年）の有罪判決が言い渡され、控訴せず判決が確定しました。執行猶予期間は2020年に満了しています。
