基礎体温とは、生命維持に必要な最小限のエネルギーしか消費していない「安静状態における体温」を指します。したがって、計測すべき決定的なタイミングは「毎朝、目が覚めた直後に体をまったく動かさず、布団の中で横になったまま」の瞬間です。
なぜ「起き上がる前」でなければならないのか。その理由は自律神経と骨格筋の活動にあります。人間は起床して体を起こす、あるいは手を伸ばして遠くのアラームを止めるだけでも、交感神経が急激に優位になり、筋肉を動かすために血流が促進されます。日本産科婦人科学会の指針等でも示されている通り、上体を起こして歩くだけで体温は0.1℃〜0.3℃程度上昇してしまいます。基礎体温における低温期と高温期の差はわずか0.3℃〜0.5℃前後の極めて繊細な世界であるため、起床後のわずかな動作ですら、ホルモン変動による変化をかき消す致命的なノイズとなってしまうのです。
また、体内時計と代謝が完全に安静水準へ落ち着くためには、最低でも4時間以上の連続した熟睡が必要です。睡眠が浅い状態やすぐに目が覚めてしまった状態では、体温の基礎レベル（最低代謝時）まで下がりきりません。枕元に手を伸ばせば届く至近距離に婦人体温計を配置し、目を開けたら声も出さず、体を起こさずにすぐ口にくわえる環境を整えることが基本中の基本となります。
