政治への関与形態こそ、両団体の性格の違いが最も如実に表れる領域です。メディアで頻繁に取り沙汰される創価学会と統一教会の政治関係は、その構造において明確に峻別されます。
創価学会は1964年に自らの理念を体現する政党として公明党を結党しました。その後、1970年の政教分離宣言を経て「制度上の分離」を明確化し、現在は学会が公明党の公認・推薦を行う支持団体というオープンな形で選挙支援を実施しています。自民党と公明党による連立政権の枠組みは20年以上にわたって制度化されており、国会における政策決定プロセスも透明な議会制民主主義のルールの下で行われてきました。
対照的に、旧統一教会の政治関与は極めて不透明かつ個別的でした。自前の政党を持たない同教団は、関連団体である「国際勝共連合」や「天宙平和連合（UPF）」などを前面に立て、反共産主義や家庭重視の価値観を共有する政治家に接近。無償の選挙ボランティア派遣や組織票の差配と引き換えに、政策協定を結ばせたり教団イベントへの祝辞・出席を取り付けたりする「水面下の関係構築」を主軸としていました。この陰然たる浸透手法が、後の政界を巻き込む大スキャンダルへと直結したのです。
