玄米が大腸がんリスクを抑制する最大の物理的・生物学的要因は、白米の約6倍に及ぶ不溶性・水溶性の食物繊維と、それらをエサにして増殖する腸内細菌叢の代謝産物にあります。
玄米のセルロースやヘミセルロースといった難消化性食物繊維は、腸内で水分を吸収して便のかさを増やし、腸管の蠕動運動を促します。これにより、便中に含まれる発がん性物質や二次胆汁酸が腸壁に滞留する時間を劇的に短縮させ、大腸粘膜への毒性刺激を物理的に遮断します。
さらに重要なのが、腸内フローラによる発酵プロセスです。玄米のぬか層に含まれるアラビノキシランや難消化性デンプン（レジスタントスターチ）が大腸の奥深くまで届くと、酪酸産生菌（フェカリバクテリウムなど）がこれらを代謝し、大量の短鎖脂肪酸（特に酪酸）を産生します。
この「酪酸」には、大腸上皮細胞の主要なエネルギー源として腸管バリア機能を強固にするだけでなく、異常増殖を起こしかけた大腸粘膜細胞のヒストン脱アセチル化酵素（HDAC）を阻害し、がん化プログラムを未然に食い止める強力なエピジェネティック作用があることが判明しています。腸内環境の最適化こそが、全身の慢性炎症を抑える最大の防壁となります。
