初めて訪れる人でも直感的に歩けるよう、現在の新潟駅構内図は非常にわかりやすい2層構造に整理されています。主要な機能と店舗は2階の東西自由通路沿いと、1階の商業・交通ゾーンに集約されています。
特に注目を集めているのが、駅の直下（1階）に新設された高架下バスターミナルです。鉄道の高架下にバスが直接乗り入れる構造は全国的にも珍しく、雨や雪の日でも傘をささずにバスと電車を乗り継ぐことができます。バスが前進で進入し、後退しながら発車するスイッチバック方式の採用により、歩行者動線との完全な分離とスムーズな運行が両立されています。
乗り換えの所要時間も劇的に短縮されました。上越新幹線ホーム（3階）から在来線（2階）へは専用の乗り換え改札を経由して約3〜5分、1階のバスターミナルへもエスカレーターを使えば約4〜6分でアクセス可能です。案内サインもピクトグラムと多言語表記で統一され、迷うストレスは大幅に軽減されています。
