琵琶湖博物館が位置するのは、草津市から琵琶湖へ突き出た烏丸半島の先端部です。景観に恵まれた立地である反面、事前のアクセス確認がスムーズな移動を左右します。
車を利用する場合、名神高速道路の「栗東IC」または新名神高速道路の「草津田上IC」からそれぞれ約30分で到着します。さざなみ街道（県道559号）を経由するルートは風光明媚でドライブに最適ですが、休日の夕方は湖岸道路特有の渋滞が発生しやすいため注意が必要です。烏丸半島駐車場は約420台収容可能で、前述の通り館内総合案内で駐車券処理を行えば普通車の駐車料金は無料になります。
公共交通機関を利用する場合は、JR東海道本線（琵琶湖線）の「草津駅」が拠点となります。西口バスターミナルから近江鉄道バス「琵琶湖博物館行き」に乗車し、終点まで約25分です。運行本数は1時間に1〜2本程度となっているため、事前に発着時刻表を調べて接続を合わせておくことが現地での無駄な待ち時間を防ぐポイントです。
