ファンの間で幾度となく熱狂的な議論が交わされるテーマが、「ゲームの歴代主人公で最強は誰なのか」という実力比較です。各タイトルの撃破実績や設定を照らし合わせると、主に以下の3名が最強候補の筆頭に挙げられます。
1. 初代主人公：レッド
すべての原点であり、カントー地方を制覇した生ける伝説。シロガネ山での手持ちポケモン（ピカチュウ、リザードン、カビゴンなど）はレベル80超えを誇り、プレイヤーに圧倒的な絶望感を与えた初代最強の存在です。
2. 第4世代主人公：コウキ / ヒカリ（及びテル / ショウ）
シンオウ地方を旅した主人公は、時間と空間を司る神話のポケモン「ディアルガ」「パルキア」、そして反物質を司る「ギラティナ」を鎮め、あるいは従えた実績を持ちます。さらに過去作『Pokémon LEGENDS アルセウス』の主人公は、すべての創造主である「アルセウス」から認められその力を授かっており、世界観設定上のスケールでは全主人公中トップクラスと目されています。
3. 第9世代主人公：ハルト / アオイ
パルデア地方の大穴「エリアゼロ」深部に潜入し、未知のエネルギーを持つパラドックスポケモンやテラパゴスと対峙。テラスタルを完全に使いこなし、チャンピオンランク試験を最年少クラスで突破した戦闘センスは、現代のバトル環境においても屈指の実力と評価されています。
純粋な戦績や象徴性ではレッド、宇宙創世レベルの神話的実績ではコウキ / ヒカリ（テル / ショウ）が双璧を成しており、挑むバトルの次元によって最強の座が議論され続けています。
