西京焼きを調理する際、一般的な塩焼きと同じ感覚で火にかけると、あっという間に表面が炭化してしまいます。この現象を引き起こす主因は、漬け込み床に使われる西京味噌特有の高い糖度とメイラード反応（糖化反応）の進行速度にあります。
西京白味噌は米麹の割合が非常に高く、一般的な米味噌に比べて糖分（ブドウ糖や麦芽糖）が豊富に含まれています。糖分と魚のタンパク質が熱によって結びつくメイラード反応は香ばしい風味を生み出す一方で、160℃を超えると急速に焦げ化（炭化）へシフトする性質を持ちます。直火や強火にさらされると、魚の芯部に熱が届く前に表面の味噌だけが急激に温度上昇を起こし、結果として「外は真っ黒、中は生焼け」という失敗を引き起こす構造です。
料理の現場で実践されている基本鉄則は、焼成前の段階で魚の表面に残った味噌をキッチンペーパーで徹底的に拭き取ることです。「味噌の味が薄くなるのではないか」と懸念されがちですが、数日間漬け込まれた切り身には浸透圧によって内部までしっかりと風味が定着しています。表面に余分な味噌のペーストを残さないことが、均一な黄金色の焼き色を作る第一条件です。
