南毛利中学校の大きな魅力の一つが、文武両道を掲げる部活動の活発さです。運動系・文化系ともに多くの部が活動しており、放課後の校内には活気ある声が響いています。
運動部では陸上競技部、野球部、サッカー部、バスケットボール部、バレーボール部、ソフトテニス部、バドミントン部、卓球部などが市大会や県央大会で好成績を収めています。文化部では吹奏楽部や美術部が精力的に活動しており、吹奏楽コンクールや地域イベントでの演奏は高い評価を得ています。
また、南毛利中学校の年間行事には、学年の一体感を高める体育祭、合唱コンクール、2年次の校外学習、3年次の修学旅行など多彩なイベントが揃っており、生徒が主体となって運営する実行委員会形式が主体的な成長を促しています。
