筋合成に優れたホエイプロテインですが、万人にとって完璧な食品というわけではありません。見落とされがちなデメリットとして「消化器系への負担」が挙げられます。
牛乳を飲むとお腹がゴロゴロする「乳糖不耐症」の体質を持つ人の場合、一般的なホエイ（WPC製法）を飲むと下痢や腹部膨満感を起こしやすくなります。この場合、乳糖を極限まで除去した高純度なWPI製法の製品を選ぶか、ソイプロテインへの切り替えが必要です。
また、過剰に摂取した動物性タンパク質が腸内で悪玉菌の餌となり、腸内環境の悪化や肌トラブルを引き起こすケースも報告されています。「ホエイを飲み始めてからニキビが増えた、お腹が張る」と感じる場合は、摂取量を調整するか植物性への移行を検討すべきサインです。
