うに丼のクオリティを左右するもう一つの重要要素が、品種と産地のマッチングです。日本で流通する最高級ウニは、大きく「エゾバフンウニ」と「キタムラサキウニ」の2系統に分かれます。
エゾバフンウニは鮮やかな濃いオレンジ色(赤ウニとも呼ばれます)をしており、水分量が少なく、ねっとりとした極めて濃厚なコクが特徴です。一方のキタムラサキウニは淡い上品な黄色(白ウニ)で、一粒一粒の粒立ちが大きく、爽快な磯の香りとさっぱりとした洗練された甘みが際立ちます。豪快に一口でかきこむならキタムラサキウニ、舌の上でじっくりと脂の余韻を味わうならエゾバフンウニが理想とされます。
また、ウニの味わいは産地ごとの漁期(解禁時期)と直結しています。北海道の積丹半島では、伝統的に毎年6月1日から8月末までがウニ漁の解禁期間と定められており、この時期は全国からファンが集結します。さらに、最北の離島である「利尻島・礼文島」では、日本最高峰のブランド昆布「利尻昆布」を贅沢に食べて育ったウニが夏場に出荷され、業界関係者の間でも最高峰の評価を獲得しています。