ミックス犬は遺伝的多様性により比較的体が丈夫である（雑種強勢）と言われることがありますが、純血種特有の好発疾患をまったく発症しないわけではありません。柴マルとしての平均寿命は12歳〜15歳前後とされており、小型〜中型犬として標準的な長寿を目指すことができます。
日々の健康管理において特に警戒すべき疾患は、両親それぞれの弱点を受け継ぐ可能性があります。マルチーズに極めて多い膝蓋骨脱臼（パテラ）は、柴犬の活発な運動量と組み合わさることで関節に大きな負荷がかかり、発症リスクが高まります。フローリングには滑り止めのマットを敷き、高所からの飛び降りを防ぐ住環境の工夫が不可欠です。
さらに、柴犬の好発疾患であるアトピー性皮膚炎やアレルギー性皮膚疾患、シニア期に見られる僧帽弁閉鎖不全症などの心臓病や白内障・流涙症（涙やけ）にも注意を払う必要があります。定期的な動物病院での健康診断と、年齢に応じた適切な栄養管理を早期から継続することが、健康寿命を延ばす最大の鍵となります。
