本事件が未解決のまま推移している背景には、発生初日の現場保存の不備が決定打として挙げられます。通報直後、警察はラムジー邸を完全に封鎖せず、家族の知人や友人らが家の中を自由に出入りすることを許可してしまいました。この結果、現場の足跡や指紋、微細繊維などの決定的な物的証拠が汚染・散逸してしまいました。
また、2006年にはタイで元教師のジョン・マーク・カー容疑者が「自分がジョンベネを殺害した」と自白して逮捕され、世界的な速報として報道されました。しかし、身元調査やDNA照合の結果、犯行声明は誇大妄想による完全な虚偽であることが判明し、不起訴処分となっています。こうした虚偽証言やセンセーショナリズムが、真相究明をさらに難しくさせました。
