畝傍高校の最新の合格目標偏差値は、大手模試（五ツ木模試など）の基準で69、全国統一模試基準では70前後に位置しています。奈良県内の公立普通科としては奈良高校（偏差値72）に次ぐ難関であり、中南和エリアにおいては圧倒的なトップの座を維持しています。
進学実績における最大の特徴は、徹底した「国公立大学への高い現役合格率」です。特に京都大学への合格者数は例年15〜25名前後をマークしており、大阪大学（30名前後）、神戸大学（25名前後）と合わせ、京阪神の難関国公立三大学だけで毎年70名規模の合格者を叩き出しています。さらに東京大学や医学部医学科への合格者もコンスタントに輩出しており、地方名門校としての地力は全国屈指です。
この実績を支えているのは、単なる詰め込み教育ではありません。畝傍高校では1年次から質の高い探究活動や大学入学共通テストを見据えたハイレベルな記述指導が行われており、早い段階から難関大入試を意識した学術的アプローチが定着しています。私立大学の合格実績においても、同志社大学や立命館大学といった関関同立に延べ数百名規模の合格を記録していますが、生徒の多くは国公立大学を第一志望とする点に進学校としての矜持が表れています。
