境内の散策において、まず参拝者を圧倒するのが崖にせり出すように建てられた「摩尼殿（まにでん）」です。京都の清水寺と同じ「懸造り（かけづくり）」と呼ばれる伝統工法で組まれており、大正10年（1921年）の焼失後、近代神社仏閣建築の巨匠・伊東忠太の手によって再建されました。摩尼殿に祀られている御本尊の「如意輪観音（にょいりんかんのん）」は、人々の苦しみを取り除き、願いを意のままに叶える六観音の一尊として篤い崇敬を集めています。
摩尼殿からさらに奥へと木立の参道を進むと、突如として視界が開け、巨大な木造建築がコの字型に並ぶ「三之堂」が現れます。
- 大講堂（国指定重要文化財）：圓教寺の本堂に位置し、釈迦三尊像を安置する学問と修行の拠点。厳粛な堂内には開山以来の法灯が感じられます。
- 食堂（国指定重要文化財）：本来は修行僧の起居・食事の場。現在は1階に写経道場、2階に寺宝を展示する貴重な文化発信空間となっており、内部の長大な板敷き空間は圧巻の眺望です。
- 常行堂（国指定重要文化財）：阿弥陀如来を本尊とし、不断念仏の修行が行われていた道場。中央に張り出した舞台は、かつて雅楽や舞が奉納された舞台建築の粋を極めています。
また、祈りを形に残す巡礼者にとって見逃せないのが御朱印授与所の存在です。摩尼殿堂内の納経所をはじめ、食堂内でも授与が行われており、定番の「摩尼殿」の揮毫から、映画ロケ地を記念した特別な朱印まで複数種が用意されています。四季折々の限定符や散華も参拝の記念として高い人気を博しています。
心身を浄化する食体験として全国的な評判を呼んでいるのが、国指定重要文化財の塔頭・壽量院（じゅりょういん）で味わう精進料理です。播磨の旬の山菜や根菜をふんだんに使い、歴代寺院に伝わる献立を再現した本格本膳料理は、ミシュランガイドにも掲載された実績を持ちます。完全予約制（4月〜11月限定）で提供される一膳は、食を通じた瞑想体験とも呼べる深い満足感をもたらしてくれます。
